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  民國97年7月1日,臺北市政府交通局在為臺北市建構一人本、永續、智慧及效率之交通運輸環境之理念下,進行交通局及所屬機關整體組織架構調整,成立臺北市公共運輸處,以整合性的管理,執行大眾運輸、汽車運輸、船舶運輸規劃、發展、管理及交通稽查業務,期使臺北市成為大眾運輸導向都市及達到大眾運輸使用率60%之目標。

  97年7月1日成立之編制員額數為124名,設綜合規劃科、大眾運輸科、一般運輸科及業務稽查科等4科與秘書室、會計室、人事室及政風室等4室。

  101年1月1日因應新增業務、業務量增加及資訊、通訊科技發達,回應外部環境對人本、永續、智慧、效率公共運輸環境之需求,編制員額數由原124名調整為130名,另新增智慧運輸科,由原4科4室,調整為5科4室。

  103年7月4日因應公路法第37條修正條文業於102年7月5日公布施行,公路汽車客運業、遊覽車客運業、小客車租賃業、小貨車租賃業、汽車貨運業、汽車路線貨運業、汽車貨櫃貨運業等7項汽車運輸業移由中央督管,另編制人力6人併同上開業務移撥中央,編制員額數由130名調整為124名。

  本處以「資源共享為核心,智慧管理為基礎,實現悠活、低碳、安全與整合的綠運輸城市」為發展願景,以提升本市綠運輸環境。